毛细支气管炎的病原主要为呼吸道合胞病毒，可占80%或更多；其它依次为腺病毒，副流感病毒，鼻病毒，流感病毒等；少数病例可由肺炎支原体引起；感染病毒后，细小的毛细支气管充血，水肿，粘液分泌增多，加上坏死的粘膜上皮细胞脱落而堵塞管腔，导致明显的肺气肿和肺不张。炎症常可累及肺泡，肺泡壁和肺间质，故可以认为它是肺炎的一种特殊类型。

毛细支气管炎，不同于一般的气管炎或支气管炎，临床症状像肺炎，但以喘憋为主，此病多发生在2.5岁以下的小儿，80%在1岁以内，多数是6个月以下的小儿。