在体液或分泌物中查找虫体，如粪便涂片或集聚法检查肠道原虫滋养体、包囊或蠕虫卵，末梢血液涂片找疟原虫等，寄主组织内的寄生虫则可通过活体组织检查或穿刺检查而确诊。

目前常用的方法有皮内试验和血清免疫试验。

（1）皮内试验  又可分为即刻反应和迟缓反应，肺吸虫皮试等属前者，可作为临床过筛或流行学调查。

（2）血清免疫学试验  有间接红细胞凝集试验（IHA）、间接荧光抗体技术（IFT）及酶联免疫吸附试验（ELISA），前者灵敏度较高，后两者灵敏度及特异性均较高。这些方法主要用于检测寄主的特异性抗体，目前也已建立检测虫体循环抗原或排泄抗原的方法，以作早期诊断及疗效的考核。

DNA探针杂交技术、聚合酶链反应（PCR）检测部分寄生虫的DNA。

如超声检查、CT检查。