在体液或分泌物中查找虫体，如粪便涂片或集聚法检查肠道原虫滋养体、包囊或蠕虫卵，末梢血液涂片找疟原虫等，寄主组织内的寄生虫则可通过活体组织检查或穿刺检查而确诊。

目前常用的方法有皮内试验和血清免疫试验。

来自疫区，如血吸虫病有疫水接触史、肺吸虫病有吃不熟的石蟹史等。

各有其临床特征，末梢血液嗜酸粒细胞往往增高。

分子生物学及超声检查、CT检查等。